A Igreja da Madre de Deus, as imagens de santos e as irmandades

O edifício do Convento, quando a Alfândega deixou de nele funcionar, foi entregue à Santa Casa de Misericórdia do Recife e a Igreja da Madre de Deus passou, em 1835, aos cuidados da Irmandade de Santana. Além dela, a Igreja acolheu várias irmandades e imagens em consequência da demolição de algumas capelas e templos do Recife.

A exemplo disso, quando o Arco do Bom Jesus foi demolido, em 1850, a irmandade e a imagem do Senhor Bom Jesus das Portas foram transferidas para a Igreja da Madre de Deus. O Arco do Bom Jesus, era um dos três antigos portais da cidade e localizava-se no final da atual Rua do Bom Jesus.

Um outro exemplo está relacionado à Igreja do Corpo Santo, a primeira do Recife, dedicada a São Frei Pedro Gonçalves. Quando ocorreu a grande reforma da malha urbana do Bairro do Recife no início do século XX, a Igreja do Corpo Santo foi demolida. A irmandade e a imagem do Senhor Bom Jesus dos Passos e todas as outras imagens pertencentes àquele templo foram transferidas para a Igreja da Madre de Deus.

Da Igreja do Corpo Santo saía a mais famosa e antiga procissão do Recife - a Procissão dos Passos - realizada pela primeira vez em 1654, como pagamento de uma promessa que os comandantes militares portugueses e brasileiros haviam feito caso vencessem os holandeses. A Procissão dos Passos também foi transferida para a Igreja da Madre de Deus que ainda é, atualmente, seu ponto de partida na época da Quaresma.